2004年11月和12月，华纳分别发行了1区与港3区《黑客帝国》终极收藏版10碟套装，套装收录了黑客帝国3部曲和由9部动画短片组成的动画版电影，以及从未曝光的大量花絮内容。飞扬的《黑客帝国》10碟套装，主要元素就是来自上述1、3区版和6区版。
终极版3部曲的画质和音效经过重新数码灌录制作，第1集图像总体品质有明显提升。下面是一组同帧截图，上为旧版。
华卓斯基兄弟还特邀到学者和影评家替3部曲进行片评，终极套装为此增设两条全新的评论音轨。港3区配制了相应的中文字幕。
也许终极版更加看重影片声画质量，因而取消第1集旧版的随片小白兔模式，将其全部内容调整到套装花絮碟里。尽管终极版对小白兔做了低调处理，但并未完全废弃这个功能，兔子仍出现在花絮碟的“斗阵编年史”部分中。
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DISC-1 黑客帝国
【配版】1区终极版修复图像和音轨字幕
港3区终极版中英动态菜单、中文字幕、中文评论字幕、花絮
6区国配、中文字幕
日2区日语日文
旧版评论音轨和中文字幕
自制双显字幕、OST
【容量】7.82G
【片长】2小时16分08秒
【码流】6.97Mb/sec
【图像】NTSC/Weave/16:9
【音轨】英语DD5.1（448K）
英语评论DD2.0（128K）
英语评论DD2.0（128K）
英语评论DD2.0（128K）
英语评论DD2.0（128K）
国语DD5.1（384K）
法语DD2.0（192K）
日语DD2.0（192K）
【字幕】英文
韩文
韩文评论
韩文评论
法文
西班牙文
日文
泰文
中文1（3区）
中文评论1（3区，影评人Cornel West、Ken Wilber）
中文评论2（3区，影评人Todd McCarthy、David Thomson、John Powers）
中文2（3区旧版，跟中文1相同译本不同字体）
中文3（6区，不同译本）
中文评论3（旧版，编剧扎克斯坦伯格）
中文评论4（旧版，音乐戴维斯）
中文双显（中文1+中文评论1）
中文双显（中文2+中文评论2）
中文双显（中文3+中文评论3）
英文CC
【花絮】华卓斯基兄弟导读
网站连接
主菜单向上进入OST选单，13首，1小时02分32秒，DD2.0（192K）
主菜单向下进入集成花絮“空手道之战”，17分14秒，NTSC，Bob，4:3，英语DD2.0，双译本中文和韩文
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DISC-2 花絮碟
【配版】港3区终极版
【容量】6.97G
【内容】幕后记录片（122分50秒，Bob，4:3，英语DD5.1，中韩文）
重温配乐：41首
幕后骇客任务（17分15秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
红色药丸（旧版中的小白兔内容，17分31秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
跟着白兔（旧版中的小白兔内容，22分46秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
网站连接
DVD-ROM内容
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DISC-3 花絮碟
【配版】港3区终极版
【容量】6.18G
【内容】万流归宗：黑客任务与哲学（61分，Bob，16:9，英语DD2.0，中韩文）
难题：电影后的科学（61分，Bob，16:9，英语DD2.0，中韩文）
网站连接
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DISC-4 黑客帝国：重装上阵
【配版】港3区终极版修复图像、音轨字幕、中英动态菜单、中文字幕、中文评论字幕、花絮
6区国配
日2区日语日文
自制OST
【容量】7.66G
【片长】2小时18分08秒
【码流】7.0Mb/sec
【图像】NTSC/Weave/16:9
【音轨】英语DD5.1（448K）
英语评论DD2.0（128K）
英语评论DD2.0（128K）
国语DD5.1（384K）
英语DD2.0（128K）
日语DD5.1（384K）
泰语DD5.1（384K）
【字幕】英文
韩文
韩文评论
韩文评论
泰文
印尼文
日文
法文
西班牙文
中文1（3区）
中文评论1（3区，影评人David Thomson、John Powers）
中文评论2（3区，影评人Todd McCarthy、Cornel West、Ken Wilber）
中文2（3区，不同译本）
【花絮】华卓斯基兄弟导读
网站连接
主菜单向上进入OST选单，19首，1小时30分28秒，DD2.0（192K）
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DISC-5 花絮碟
【配版】港3区终极版
【容量】6.91G
【内容】进入母体（42分30秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
拯救：幕后拍摄传记（17分09秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
飞车追逐（55分15秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
茶室（7分04秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
母体转换器（40分24秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
流亡之徒（17分52秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
网站连接
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DISC-6 花絮碟
【配版】港3区终极版
【容量】6.72G
【内容】斗阵编年史（带小白兔功能，94分33秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
前置作业（32分23秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
阿拉米达拍摄作业（15分30秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
澳洲拍摄作业（33分49秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
网站连接
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DISC-7 黑客帝国：矩阵革命
【配版】港3区终极版修复图像、音轨字幕、中英动态菜单、中文字幕、中文评论字幕、花絮
6区国配
日2区日语日文
自制OST
【容量】7.86G
【片长】2小时09分08秒
【码流】7.61Mb/sec
【图像】NTSC/Weave/16:9
【音轨】英语DD5.1（448K）
英语评论DD2.0（128K）
英语评论DD2.0（128K）
国语DD5.1（448K）
英语DD2.0（128K）
泰语DD5.1（448K）
日语DD5.1（448K）
【字幕】英文
泰文
印尼文
日文
韩文
韩文评论1
韩文评论2
法文
西班牙文
中文（3区）
中文评论1（3区，影评人Todd McCarthy、David Thomson、John Powers）
中文评论2（3区，影评人Ken Wilber、Cornel West）
【花絮】华卓斯基兄弟导读
网站连接
主菜单向上进入OST选单，16首，1小时02分40秒，DD2.0（192K）
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DISC-8 花絮碟
【配版】港3区终极版
【容量】6.70G
【内容】工作人员（24分59秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
地狱（27分34秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
围攻（40分06秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
全方面斗争画面（16分52秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
新的蓝色世界（26分06秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
余波荡漾（39分46秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
DVD-ROM内容
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DISC-9 花絮碟
【配版】港3区终极版
【容量】4.30G
【内容】锡安档案（大量幻灯片）
骇客任务之媒体（三集的预告片和音乐视频等）
骇客电音档案（9分08秒，Bob，4:3，英语DD2.0）
先睹为快：线上骇客任务（9分34秒，Bob，4:3，英语DD2.0，中韩文）
网站连接
DVD-ROM内容
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DISC-10 黑客帝国：动画版
【配版】港3区终极版
自制OST
【容量】7.93G
【片长】1小时41分
【码流】5.65Mb/sec
【图像】NTSC/Weave/16:9
【音轨】英语DD5.1（448K）
日语DD5.1（448K）
国语DD5.1（384K）
【字幕】英文
日文
韩文
泰文
中文
印尼文
【花絮】片评（42分30秒，Weave，16:9，日语DD2.0，英韩中文）
画卷到银幕（22分24秒，Bob，4:3，英语DD2.0，英日韩泰中印尼文）
制作人员图文档案
幕后制作（55分14秒，Bob，4:3，英语DD2.0，英日韩泰中印尼文）
进入母体（2分52秒，Bob，4:3，英语DD2.0，英日韩泰中印尼文）
主菜单向上进入OST选单，12首，1小时12分23秒，LPCM2.0（1536K）
DVD-ROM内容
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相关信息请参阅：
飞扬重装上阵，祭出超一流巨制：
http://www.only4movie.com/html/jdd9/20070426203279.htm
经过半个月的调整，飞扬又一套精装顶尖作品问世：
http://www.only4movie.com/html/jdd9/20070427452485.htm
FY-109《黑客帝国》9D9+1D5套装：
http://www.only4movie.com/html/jdd9/20070429062636.htm
不可再现的科幻巨著，飞扬最新超豪华收藏版隆重登场：
http://club.dvdspring.com/dispbbs.asp?BoardID=2&ID=229460&replyID=&skin=1 | 
